崇禎年間，曾毅在惠民藥局擔(dān)任醫(yī)員，為了找到能夠救母親病的藥，他不顧家人的反對，毅然決然地與劉美心來到京城。來到京城后，他憑借精湛的醫(yī)術(shù)治好了王爺愛妾的“怪病”，并以此成功從王爺那里拿到了為母親治病的良藥。同時，他意外地得知太醫(yī)院內(nèi)有關(guān)于自己身份的東西，于是他考入了太醫(yī)院，打算查清楚真相。

在太醫(yī)院，除了查詢身世之謎外，他還努力鉆研醫(yī)術(shù)，掌握了治愈很多疑難雜癥的技術(shù)，并獲得了友誼與愛情。后來，曾毅的身份之謎解開，劉美心因這件事而變得落魄，但曾毅對其不離不棄，想要幫助她重新踏上巔峰，二人成為了為人民服務(wù)的藥師。面對傳入中國的西醫(yī)技術(shù)，曾毅以開明的態(tài)度虛心學(xué)習(xí)。面對戰(zhàn)火紛爭的跌宕境遇中，曾毅施盡平生所學(xué)將中醫(yī)理念傳遍各界，與劉美心的愛情也得到了淬煉與升華。